Mrlegal, в любом хекс редакторе есть функция сравнения двух файлов.
Сравни пропатченный и обычный декриптованный и увидишь, там или не там прога сделала изменения.
Как правило, код прошивки встречается только один раз, но вполне может быть, что случайно этот код может повториться дважды или трижды по другим нуждам. И патчер мог заменить просто не тот код.
Но это мало вероятно.