M3iZero и есть твой линкер, и даже есть новые прошивки для него, актуальны на данный момент именно для последнего ПО 3DS.
К сожалению без NDS, NDS Lite or NDSi NDSi(XL), прошить не удастся.
Тебе вверху отвечали что пришить можно и на 3DS. Не знаю.
Для начала узнай какой именно линкер у тебя M3i Zero (GMP-Z003) или просто M3i Zero.